Simultaneous Quantification of Alternatively Spliced Transcripts in a Single droplet digital PCR Reaction

入選理由:首次將ddPCR應用于基因表達過程中不同選擇性剪切產物的研究,并與腫瘤發病的機理研究相結合。

發表期刊:BioTechniques 56:319-325 No.6 2014
作者:Bing Sun, Lian Tao, and Yun-Ling Zheng

章摘要:
選擇性剪接(alternative splicing)越來越成為基因表達調控的研究熱點,據估計人類70%編碼蛋白的功能基因都存在選擇性剪接的調控方式,并且也是導致腫瘤發生的原因之一。二代測序(NGS)技術能很好的用來研究、分析特定基因不同的選擇性剪接產物,但所需實驗成本較高,且需要較大量的RNA樣品。

目前為止,總共約有20種不同的人端粒酶逆轉錄酶(human telomere reverse transcriptase ,hTERT)的選擇性剪接產物被報導,其中主要的4種產物在多種腫瘤組織中都存在(α deletion: α-/β+; β deletion: α+/β-; α + β double deletion: α-/β-; no-deletion: α+/β+)。僅全長的轉錄產物才具有相關的端粒酶活性,超過90%的腫瘤組織的端粒酶活性相比于癌旁組織有顯著的升高,因此這些不同的選擇性剪接產物可以被用來進行癌癥機理的研究以及早期檢測等的分子標記物。

長期以來研究人員缺乏足夠靈敏和準確的技術來同時定量多種選擇性剪接的RNA轉錄子,本文采用了微滴式數字PCR對hTERT 4種不同的剪接產物進行絕對定量的研究,也是進行選擇性剪接此類研究的第一篇正式文獻。只需要一對引物,兩條TaqMan探針,無需標準品,就能在一個反應孔內,同時定量檢測四種hTERT選擇性剪接RNA轉錄子。

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